Urodził się 12 lutego 1854 r. w Barczkowicach, w parafii Kamieńsk, niedaleko Piotrkowa Trybunalskiego, w rodzinie ziemiańskiej. Był synem Wincentego i Julii z Psarskich. Po ukończeniu szkoły średniej w Piotrkowie Trybunalskim wstąpił do seminarium duchownego w Warszawie. Święcenia kapłańskie otrzymał 22 VII 1877 r. Po święceniach pracował jako wikariusz w parafiach warszawskich: św. Stanisława na Woli, Trójcy Świętej na Solcu, Najświętszej Maryi Panny na Lesznie. Został wysłany na studia do Rzymu, gdzie na Papieskim Uniwersytecie Gregoriańskim w 1882 r. uzyskał doktorat z prawa. Odbył też w Rzymie praktykę kurialną w kongregacjach rzymskich. W 1883 r. wrócił do kraju. Gdy ówczesny administrator archidiecezji warszawskiej, bp Antoni Sotkiewicz, został 15 III 1883 r. mianowany ordynariuszem diecezji sandomierskiej, zabrał ze sobą utalentowanego młodego księdza i zaufanego współpracownika, powierzając mu szereg ważnych stanowisk: kanclerza tamtejszej kurii, profesora seminarium, proboszcza w podmiejskich parafiach i członka kapituły. Przez 18 lat pracował u boku bp. A. Sotkiewicza, mając okazję dobrze poznać sprawy Kościoła. Po śmierci bp. A. Sotkiewicza został wybrany na wikariusza kapitulnego i przez rok rządził diecezją sandomierską.

W 1902 r. (9 VI) papież Leon XIII mianował ks. Zdzitowieckiego biskupem kujawsko-kaliskim. Święcenia biskupie otrzymał, zgodnie z nakazem rządu rosyjskiego, w Petersburgu 23 XI 1902 r. z rąk bp. Jerzego Szembeka.

Jako członek Episkopatu polskiego udzielał się na forum ogólnopolskim. Poparł plan założenia w 1918 r. uniwersytetu katolickiego w Lublinie, oddając do jego dyspozycji kilku profesorów seminarium włocławskiego i wspierając go finansowo. Uczestniczył w przygotowaniu reorganizacji polskiej administracji kościelnej po odzyskaniu niepodległości; m.in. wysunął propozycję utworzenie dwóch nowych diecezji: częstochowskiej i kaliskiej, chociaż w konsekwencji doprowadziło to do znacznego zmniejszenia terytorium jego własnej diecezji. Na podstawie carskiego ukazu z 1905 r. o tolerancji religijnej podjął starania o odrodzenie franciszkańskiego życia zakonnego w Królestwie Polskim w oparciu o klasztor włocławski.

Jego 25-letnie kierowanie diecezją włocławską zapisało się w jej dziejach wieloma przedsięwzięciami. W celu usprawnienia zarządzania rozległą diecezją w 1917 r. przeprowadził reformę sieci dekanatów, zwiększając trzykrotnie ich liczbę: z 13 do 39. Dwukrotnie zwizytował wszystkie parafie diecezji. Utworzył około 50 nowych parafii, poświęcił ponad 80 nowo wybudowanych kościołów oraz przebudowanych i wyremontowanych. W 1908 r. powołał komitet archeologiczno-budowlany dla koordynacji prac w zakresie budownictwa sakralnego i konserwacji zabytków. Doprowadził do odbudowania, po pożarze z 1900 r., i poświęcił w 1906 r. wieżę sanktuarium jasnogórskiego. Na jego prośbę 13 IV 1904 r. papież Pius X zatwierdził święto Matki Boskiej Częstochowskiej dla Jasnej Góry. W 1910 r. koronował ofiarowanymi przez Piusa X koronami obraz Matki Bożej Częstochowskiej, a w 1923 r. obraz Matki Bożej Gidelskiej. Jego starania doprowadziły w 1926 r. do zatwierdzenia przez Stolicę Apostolską kultu bł. Bogumiła.

Zmierzając do podniesienia poziomu wykształcenia duchowieństwa diecezjalnego w zakresie humanistycznym, utworzył w 1908 r. niższe seminarium duchowne, z czasem przekształcone w Liceum im. Piusa X. W 1922 r. rozszerzył do pięciu lat studia seminaryjne. Zdolniejszych alumnów wyższego seminarium wysyłał na studia specjalistyczne, także zagraniczne. Dbał o sytuację kapłanów chorych i emerytowanych: w 1920 r. założył dom dla księży emerytów w Ciechocinku.

Kładł nacisk na prowadzenie rekolekcji i misji parafialnych oraz podniesienie stanu świadomości religijnej, zwłaszcza młodzieży, poprzez współpracę rodziny, Kościoła i szkoły. Zalecał kapłanom tworzenie stowarzyszeń młodzieżowych, a dla koordynacji ich działalności powołał w 1919 r. Sekretariat Generalny do spraw Stowarzyszeń Młodzieży.

Ważnym aspektem działalności bp. Zdzitowieckiego były sprawy społeczne. Wzywał duchownych, aby zajmowali się szerzeniem oświaty, budowali domy parafialne, w których skupiałoby się życie kulturalne parafii. Organizował specjalne kursy społeczne dla alumnów seminarium, aby przygotować ich do późniejszej pracy. Troszczył się o najbiedniejsze warstwy społeczeństwa, zwłaszcza w czasie I wojny światowej. Propagował tworzenie opiek parafialnych, ochronek, domów sierot, schronisk i ochronek dla bezdomnych.

Już w pierwszym roku swoich rządów zezwolił na organizowanie zebrań robotniczych w gmachu seminarium, aby ustrzec uczestników przed carską policją. Popierał działalność zmierzającą do zorganizowania Stowarzyszenia Robotników Chrześcijańskich we Włocławku, w Kaliszu, Kole, Pabianicach i Częstochowie. Otworzył też Sekretariat Generalny ds. Robotników, oddając do jego dyspozycji specjalny lokal. Był członkiem kooperatywy robotniczej we Włocławku. Zawsze interesował się bytem materialnym robotników, podnoszeniem ich wykształcenia.

Biskup Zdzitowiecki był gorącym patriotą, zatroskanym o losy kraju. Jego patriotyczne wystąpienia podczas strajków 1905–1906 r. były powodem, że musiał się tłumaczyć przed rosyjskim ministrem spraw wewnętrznych Piotrem Durnowem w Petersburgu. W 1912 r. po jego przemówieniu żałobnym na pogrzebie abp. W. Chościak-Popiela oburzona delegacja rosyjska opuściła katedrę. Dnia 27 X 1917 r. odebrał przysięgę od Rady Regencyjnej. W latach 1919–1920 popierał akcję plebiscytową w sprawie przyłączenia Górnego Śląska do Polski. Z zachowanej korespondencji z członkami Rady, a zwłaszcza z abp. Aleksandrem Kakowskim, przebija żywe zainteresowanie się losami odradzającej się ojczyzny.

We Włocławku postanowił utworzyć własne gimnazjum, ale nie mógł tego zrealizować z powodu sprzeciwu władz carskich. Dopiero w 1916 r. założył gimnazjum biskupie im. ks. J. Długosza; nie mając jednak do dyspozycji odpowiedniego budynku, przeznaczył na ten cel jedno skrzydło pałacu biskupiego, a po jego spaleniu w 1920 r. w wyniku ostrzału Włocławka przez wojska sowieckie, rozpoczął budowę dla gimnazjum własnego gmachu (przy ul. Łęgskiej), który ukończono i poświęcono kilka miesięcy po jego śmierci. Za jego staraniem stowarzyszenie religijne „Wychowanie i Oświata” założyło w 1916 r. prywatne katolickie gimnazjum żeńskie, przy którym później powstało prywatne seminarium nauczycielskie. Popierał ruch wydawniczy we Włocławku. W 1907 r. została zorganizowana Drukarnia Diecezjalna, a w 1910 r. Księgarnia Powszechna. Z 16 powstałych wtedy czasopism kilka zyskało uznanie także poza Włocławkiem, przede wszystkim czasopismo naukowe „Ateneum Kapłańskie”. Z jego inicjatywy powstała ochronka dla dzieci przy katedrze, przedszkole utrzymywane przez kurię diecezjalną, ochronka dla dzieci przy klasztorze reformatów. Wmurował kamień węgielny pod kościół św. Stanisława we Włocławku.

Pragnąc podkreślić rangę wspaniale prezentującej się wówczas katedry – po zakończeniu długoletnich prac remontowych (regotyzacyjnych), przeprowadzonych przez jego poprzednika, bp. Aleksandra Kazimierza Bereśniewicza – wystarał się u Stolicy Apostolskiej o nadanie katedrze włocławskiej 22 II 1907 r. tytułu bazyliki mniejszej. Nie udało mu się uchronić katedry od rabunku przez Niemców w lutym 1918 r. dzwonów, piszczałek organowych oraz miedzianego pokrycia dachu i wież. W tej katedrze 22 września 1918 r. przyjmował uroczyście wizytatora apostolskiego w Polsce Achillesa Rattiego (późniejszy papież Pius XI), który odprawił w niej mszę pontyfikalną. Zadbał o naprawienie zniszczeń powstałych w katedrze w wyniku ostrzału Włocławka przez wojska sowieckie w dniach 13–16 sierpnia 1920 r.; kule armatnie uszkodziły wówczas dachy, sklepienie prezbiterium, wieżę północną, ściany północnych kaplic, 10 kwater zabytkowego gotyckiego witraża, kamienną figurę Matki Bożej z Dzieciątkiem nad wejściem głównym.

Zmarł w przeddzień 73. rocznicy swoich urodzin, 11 lutego 1927 r. Jego pogrzeb był wielką manifestacją religijną. Został pochowany we włocławskiej katedrze w krypcie biskupów włocławskich.

W bazylice katedralnej bp. Stanisława Zdzitowieckiego upamiętnia epitafium w nawie głównej po stronie południowej (czwarty filar), z płaskorzeźbionym jego wizerunkiem, wykonanym z brązu przez A. Brzezińskiego i J. Wankiewicza według projektu Jana Wysockiego.

Na podstawie: Włocławski słownik biograficzny, t. 1, Włocławek 2004, s. 186–188.

W posłudze biskupiej Stanisława Kazimierza Zdzitowieckiego wspomagali biskupi pomocniczy: Władysław Krynicki (29 IV 1918 – 21 XI 1927) i Wojciech Owczarek (29 VII 1918 – 30 IX 1938).