Józef Kruszyński urodził się 18 marca 1877 r. w Kolonii Poraj w powiecie Piotrków Trybunalski w rodzinie rolniczej, był synem Franciszka i Konstancji Domańskiej. Edukację rozpoczął w 1884 r. w szkole podstawowej w Bogdanowie. Kontynuował ją w gimnazjum w Parzniewicach, które ukończył w roku 1893. Po roku wstąpił do Wyższego Seminarium Duchownego we Włocławku, skąd po pięciu latach został wysłany na studia do Akademii Duchownej w Petersburgu. W 1903 r. uzyskał stopień magistra teologii w zakresie nauk biblijnych. W tymże roku w Petersburgu  otrzymał święcenia kapłańskie z rąk biskupa płockiego Jerzego Szembeka.

Po powrocie do diecezji przez rok był wikariuszem w parafii św. Lamberta w Radomsku (1903–1904). Następnie został profesorem w seminarium włocławskim (1904–1923), gdzie wykładał Pismo Święte, język hebrajski i  archeologię biblijną. Pełnił również kolejno funkcję prefekta oraz wicerektora seminarium (1905−1922). W tym czasie odbył szereg podróży naukowych do Anglii, Francji, Włoch, na Bałkany, Bliski Wschód i do Egiptu.

W 1916 r. został wybrany (na 3 lata) na członka I Rady Miejskiej we Włocławku. Był wiceprzewodniczącym Międzypartyjnego Koła Politycznego w powiatach włocławskim i lipnowskim. W latach 1919−1922 uczył w Gimnazjum Żeńskim W. Aspis religii oraz historii i łaciny. Ministerstwo Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego mianowało go inspektorem skautów na okręg włocławski. W latach 1917−1922 był kierownikiem Księgarni Powszechnej i Drukarni Diecezjalnej. Współredagował „Ateneum Kapłańskie”, „Podręczną encyklopedię kościelną”, „Kalendarz Powszechny”, „Słowo Kujawskie”, „Wiarę i Życie”. W swojej publicystyce poruszał m.in. modną wówczas kwestię żydowską.

Od 1923 roku związał się z Katolickim Uniwersytetem Lubelskim jako wykładowca. W 1924 r. habilitował się na Uniwersytecie Jagiellońskim w zakresie biblistyki. Od 1925 r. był rektorem KUL. Doprowadził do ustabilizowania bazy materialnej uczelni oraz jego rangi jako szkoły wyższej (prawa uczelni państwowej). W 1933 r. zrezygnował z funkcji rektora i poświęcił się pracy naukowej. Postanowił przełożyć cały Stary Testament z języka hebrajskiego na język polski. Do roku 1939 zdołał wydać 14 ksiąg (6 tomów). Po wybuchu II wojny światowej 11 września 1939 r. został aresztowany przez Gestapo i wspólnie z innymi 18 księżmi osadzony w więzieniu na Zamku Lubelskim. Po zwolnieniu krótko pracował w parafii św. Michała w Lublinie. Internowany biskup lubelski Marian Fulman mianował ks. Kruszyńskiego wikariuszem generalnym diecezji lubelskiej (20 XI 1940–24 IX 1945).

Po wojnie wrócił do Włocławka, gdzie został oficjałem Sądu Biskupiego (do 1948 r.) i egzaminatorem prosynodalnym. Ponadto wykładał biblistykę we włocławskim Seminarium Duchownym. W 1947 r. (1 marca) po erygowaniu parafii katedralnej został pierwszym delegatem kapituły katedralnej do spraw parafii, czyli praktycznie pierwszym jej proboszczem, i był nim do 1 sierpnia 1949 r. Administratorem parafii był w tym czasie (do 28 IV 1949 r.) ks. Tadeusz Szmidt.

W czasie kierowania parafią katedralną przez ks. Kruszyńskiego dokonano wielu znaczących prac. Usunięto zniszczenia spowodowane przez wojnę. Przełożono dachówki na katedrze, pokryto blachą miedzianą wieże, wieżyczki oraz kopuły na kaplicach. Odnowiono krzyż na szczycie katedry. Położono marmurową posadzkę w kaplicy Najświętszej Maryi Panny i uzupełniono częściowo uszkodzone witraże Józefa Mehoffera. Zakrystię zaopatrzono w szafy, potrzebny sprzęt i paramenty liturgiczne.

Ksiądz Kruszyński ma bogaty dorobek naukowy i pisarski. Ogłosił drukiem około 50 prac samoistnych oraz drugie tyle rozpraw i większych artykułów w czasopismach. Oprócz tego opublikował ponad tysiąc przyczynków i recenzji. Zajmował się przede wszystkim biblistyką i gromadził w swym prywatnym zbiorze wszelkie judaika (większość z nich została zniszczona w czasie II wojny światowej). W maszynopisie pozostawił pisane pod koniec życia „Moje wspomnienia”.

Za zasługi dla Kościoła został uhonorowany godnością kanonika kolegiaty kaliskiej, kanonika kapituły katedralnej włocławskiej (1922), papieskiego prałata domowego (1926), protonotariusza apostolskiego (1930). Był odznaczony Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski.

Ks. infułat Józef Kruszyński zmarł 10 sierpnia 1953 r. i spoczywa na włocławskim cmentarzu w kwaterze kapłańskiej. W katedrze włocławskiej jego nazwisko widnieje na tablicy upamiętniającej proboszczów parafii katedralnej.

Na podstawie: Włocławski słownik biograficzny, t. 3, Włocławek 2005, s. 96−98.