Konsekracja świątyni nie oznaczała zaprzestania dalszych prac budowlanych, a o ich kontynuowaniu świadczyć mogą pochodzące z połowy XV wieku wzmianki o tym, iż prałaci i kanonicy kapituły włocławskiej odstępowali część swoich dochodów na dalszą budowę i konserwację katedry. Podejmowane były także indywidualne fundacje zarówno biskupie, jak i kapitulne, które służyły nie tylko upiększaniu włocławskiej katedry, ale także przyczyniały się do szerzenia kultu Bożego w tej świątyni.

Podczas styczniowej kapituły generalnej w 1447 r. biskup Władysław Oporowski (1434–1449) wraz członkami kapituły postanowił, że na fabrykę katedry, czyli na wszelkie potrzeby związane z pracami prowadzonymi przy katedrze, jej budowie, wyposażaniu i remontach, każdy prałat złoży kopę groszy, a każdy kanonik jedną grzywnę.

Pewnie w tym czasie dobiegło końca wznoszenie sklepień w katedrze. Układ żeber sklepiennych oraz profile cegieł użytych do ich wymurowania są jednolite zarówno w prezbiterium, jak i w nawach korpusu, co wskazuje na wzniesienie sklepień w tym samym czasie oraz na powiązania warsztatu wykonującego je z warsztatem budowlanym wznoszącym sklepienia w toruńskim kościele pod wezwaniem Maryi Panny. Zakończenie prac przy wznoszeniu sklepień korpusu nawowego umożliwiło wybudowanie zachodniego szczytu między wieżami katedry, którego fundatorem był biskup Jan Gruszczyński (1450–1463). Był to trójosiowy szczyt schodkowy, rozdzielony sterczynami zwieńczonymi dwuspadowymi daszkami. Podział osiowy podkreślono zdwojonymi blendami zamkniętymi łukiem pełnym. Między sterczynami schodki szczytu zwieńczone były trójkątnymi szczycikami z kolistymi przeźroczami.

Z fundacji biskupa Jakuba Sienieńskiego (1464–1473) w prezbiterium katedry we Włocławku stanęły stalle kanonickie. Były one wówczas nowo wykonane i bardzo piękne, jednakże nie dotrwał żaden ich opis. Były to stalle o znamionach stalli gotyckich, ozdobione ornamentami o motywach rozetowych lub ostrołukowych.

W zapiskach kapitulnych nie odnotowano szczegółowo, co z pozyskanych składek poszczególnych biskupów oraz członków kapituły włocławskiej zostało wykonane. Składki te były wówczas jedynym sposobem pozyskiwania środków na budowę i wyposażanie katedry.

Z fundacji biskupa Krzesława z Kurozwęk (1494–1503) przy pierwszym przęśle od wschodu nawy południowej zbudowana została kaplica pod wezwaniem Najświętszej Maryi Panny. Kaplica ta nazywana była też kaplicą Roratystów lub Mansjonarzy, gdyż sprawowana w niej była śpiewana Msza „Rorate”. Przy braku kapitularza była ona także miejscem posiedzeń kapituły i przyjmowania do niej nowych członków.

W 1508 r. biskup Wincenty Przerębski (1503–1513) zdecydował o dobudowaniu przy wejściu północnym zewnętrznej, dwukondygnacyjnej murowanej kruchty, przy której zbudowano izbę dla świątników, czyli kościelnych i dzwoniarzy. W izbie tej sypiali dzwoniarze i czuwali, aby w nocy nie doszło w katedrze do grabieży. Biskup zobowiązał ich do pełnienia tej straży pod groźbą kary 10 grzywien na rzecz kapituły oraz klątwy kościelnej.

Biskup Maciej Drzewicki (1513–1531) w 1516 r. postanowił wybudować dodatkową izbę na przedłużeniu zakrystii południowej i dotychczasowego skarbca. W 1521 r. z fundacji Andrzeja Naropińskiego, dziekana włocławskiego, i jego brata Jana, kustosza włocławskiego, wzniesiona została kaplica przy południowej nawie bocznej. Za sumę 70 złotych (po pół kopy groszy za złoty) podjął się tego Maciej Kokoszka – murarz z Włocławka. Kaplica ta została dobudowana do zachodniej ściany kaplicy Matki Bożej i swą szerokością dostosowana była do rozstawu zewnętrznych szkarp nawy bocznej. Pierwotnie kaplica ta dedykowana była świętemu Andrzejowi, czasem zwano ją od nazwiska fundatorów kaplicą Naropińskiego, obecnie dedykowana jest świętemu Marcinowi.

Kapitularz, własnym kosztem, postanowił wznieść biskup Maciej Drzewicki. Wykonanie tej pracy, zakończonej w 1527 r., powierzono włocławskiemu murarzowi – Maciejowi Kokoszce. Wzniósł on przy południowej nawie bocznej dwie izby dostosowane do układu szkarp wieży i nawy. Renesansowy portal wejściowy zwieńczono profilowanym gzymsem z tablicą fundacyjną i herbem biskupa Drzewickiego. Najprawdopodobniej sklepienia zostały wzniesione później, natomiast posadzki pierwotnie były kamienne. W sali posiedzeń kapituły znajdował się mały ołtarz, na którym przed rozpoczęciem obrad na kapitułach generalnych odprawiana była Msza święta wotywna o Duchu Świętym.

Przed 1511 r. zakończono wznoszenie północnej wieży katedry, natomiast w 1526 r. zakończone zostały roboty budowlane przy wznoszeniu wieży południowej.

W 1541 r. między kapitularzem i kaplicą świętego Andrzeja (Marcina), z fundacji biskupa Łukasza Górki (1538–1542), zbudowano kaplicę pod wezwaniem Zwiastowania Najświętszej Maryi Panny. Czasami nazywano ją kaplicą Górcyną (od nazwiska fundatora), kaplicą mansjonarską, nową, a od momentu wprowadzenia do jej wnętrza tabernakulum, kaplicą Najświętszego Sakramentu. Najbardziej powszechną nazwą tej kaplicy, używaną do dziś, jest nazwa Cibavit, wywodząca się od odprawianej w niej Mszy świętej wotywnej o Najświętszym Sakramencie. Niedbałe wykonanie robót murarskich sprawiło, że krótko po śmierci fundatora trzeba było podjąć się gruntownego remontu. Zadanie to powierzono włoskiemu murarzowi – Leonardowi, pracującemu wówczas pod kierunkiem Bernarda di Gianotis przy odbudowie spalonej katedry w Płocku. Kontrakt z nim podpisano 1 lutego 1543 r. Wykonawca za sumę 50 złotych zobowiązał się do rozpoczęcia i zrealizowania pracy w jak najkrótszym czasie pod karą klątwy kościelnej.